iDeCoの年末調整のやり方｜払込証明書が届く時期と保険料控除申告書の書き方、事業主払込の人は記入不要

運営責任者：宇井和朗（株式会社アシスト代表取締役）　プロフィール

この記事の要点（iDeCoの年末調整）

iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金は「小規模企業共済等掛金控除」の対象で、その年の1月〜12月に納付した掛金の全額が所得から控除されます。
自分の口座から掛金を納めている人（個人払込）は、毎年10月（初回の納付が10月以降なら11月〜翌年1月）に国民年金基金連合会から届く「小規模企業共済等掛金払込証明書」の金額を保険料控除申告書に書き、証明書を添付します。
給与から天引きされている人（事業主払込）は、毎月の源泉徴収で控除済みのため証明書は発行されず、保険料控除申告書にも書きません。

（出典: 国税庁「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」、iDeCo公式サイト「よくあるご質問」、2026年10月参照）

iDeCoに加入している会社員・公務員は、年末調整で手続きをすれば確定申告をしなくても掛金の控除を受けられます。ただし、手続きが必要かどうかは掛金の納め方で決まり、必要な人は秋に届く証明書を使います。

この記事では、国税庁のタックスアンサーと令和8年分の保険料控除申告書の記載例、iDeCo公式サイトの案内に沿って、年末調整でやることを順番に整理します。保険料控除申告書全体の書き方は「令和8年分保険料控除申告書の書き方」で解説しています。

まず確認：掛金の納め方は「個人払込」か「事業主払込」か

年末調整でやることは、掛金をどの口座から納めているかで分かれます。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（給与計算や年末調整は、どのような手続きが必要ですか。）」、2026年10月参照）

納め方	どういう状態か	年末調整でやること	払込証明書
個人払込	本人名義の預金口座から掛金が引き落とされている	保険料控除申告書に掛金額を書き、証明書を添付する	毎年10月に届く（初回の納付が10月以降なら納付月の翌月）
事業主払込	勤務先が給与から天引きし、勤務先の口座から納めている	申告書への記入は不要（毎月の源泉徴収で控除済み）	発行されない

どちらか分からない場合は、給与明細にiDeCoの掛金が控除項目として載っているか、預金通帳に掛金の引き落としがあるかで見分けられます。迷うときは勤務先の給与担当に確認してください。

小規模企業共済等掛金払込証明書はいつ届く？

個人払込で掛金を納めた加入者には、国民年金基金連合会から毎年10月に「小規模企業共済等掛金払込証明書」が送られます。初回の掛金の納付が10月以降の人には、納付月の翌月（その年の11月から翌年1月）に送られます。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（掛金の所得控除を受けるには、どのような手続きが必要ですか。）」、2026年10月参照）

証明書が勤務先の提出期限に間に合わない場合は、年末調整では控除を受けずに、翌年に確定申告で控除を受けます。iDeCo公式サイトも「年末調整に間に合わない場合は、確定申告が必要です」と案内しています。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（給与計算や年末調整は、どのような手続きが必要ですか。）」、2026年10月参照）

証明書をなくしたときや、届かないときは、iDeCoに加入した受付金融機関（運営管理機関）に再発行を申し出ます。国民年金基金連合会の案内では、住所変更や証明書の再発行は受付金融機関を通して手続きすることになっています。（出典: 国民年金基金連合会「小規模企業共済等掛金払込証明書（控除証明書）の発行時期と対象となる方」（令和4年分の案内）、2026年10月参照）

たとえば三菱UFJ銀行では「小規模企業共済等掛金払込証明書再発行申請書」を郵送し、再発行まで2〜3週間かかり、当年分を含め過去5年分を再発行できると案内しています。楽天証券のようにWebで申請できる金融機関もあります。手続きの方法と日数は金融機関ごとに違うため、加入先の案内を確認してください。勤務先の提出期限に間に合わないときは、前の段落のとおり確定申告で控除を受けます。（出典: 三菱UFJ銀行「【iDeCo】小規模企業共済等掛金払込証明書（控除証明書）の再発行」、楽天証券「iDeCo 諸変更手続き画面がより便利になりました」、2026年10月参照）

保険料控除申告書のiDeCoの欄の書き方

年末調整では「給与所得者の保険料控除申告書」の小規模企業共済等掛金控除の欄に記入します。令和8年分の記載例では、この欄の対象を「iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金など、あなたが直接支払った小規模企業共済等掛金」とし、「給与から差し引かれた掛金は記載しません」としています。（出典: 国税庁「《記載例》令和８年分保険料控除申告書」、2026年10月参照）

届いた払込証明書を用意します。
申告書の小規模企業共済等掛金控除の欄のうち、「確定拠出年金法に規定する個人型年金加入者掛金」の行に、書く金額は、証明書に記載の「合計金額」です。10月に届く証明書には、1月〜9月に実際に払い込まれた金額と、10月〜12月の払込予定金額が書かれていて、その合計を写します。（出典: 国民年金基金連合会「小規模企業共済等掛金払込証明書（控除証明書）の発行時期と対象となる方」（令和4年分の案内）、2026年10月参照）
欄の合計を「小規模企業共済等掛金控除額」に書きます。
申告書を提出するときに、払込証明書を添付するか提示します。

申告書を提出する際は証明書類の添付等が必要と、記載例にも書かれています。勤務先が年末調整ソフトなどで電子的に申告書を受け付けている場合も、証明書の出し方（原本の提出か、電子データの提出か）は勤務先の案内に従ってください。（出典: 国税庁「《記載例》令和８年分保険料控除申告書」「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」、2026年10月参照）

小規模企業共済等掛金控除の欄には、iDeCoのほか、中小企業基盤整備機構の小規模企業共済の掛金、企業型年金加入者掛金、心身障害者扶養共済制度の掛金も書く行があります。iDeCoの金額は「個人型年金加入者掛金」の行に書き、企業型年金の行と取り違えないようにします。なお、この欄に書くのは自分で直接支払った掛金で、給与から差し引かれた掛金は書きません。（出典: 国税庁「《記載例》令和８年分保険料控除申告書」、2026年10月参照）

控除される金額と軽減額の計算例

控除できる金額は、その年に支払った掛金の全額です。iDeCoでは、1月〜12月に納付した掛金の合計額がその年の小規模企業共済等掛金控除として扱われます。（出典: 国税庁「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」、iDeCo公式サイト「よくあるご質問（所得控除とは何のことですか。）」、2026年10月参照）

iDeCo公式サイトは、軽減される税額を「掛金合計額×（所得税率＋地方税率）」と説明しています。次は、この式に仮の数字を当てはめた計算例です。

項目	例（仮定）
毎月の掛金	23,000円
1年間の掛金合計（控除額）	23,000円×12か月＝276,000円
所得税率（仮定）	10%
住民税率（仮定）	10%
軽減額の目安	276,000円×（10%＋10%）＝55,200円

税率は人によって異なり、この例は目安です。所得税には復興特別所得税もかかるため、また控除で適用される所得税率の区分が変わる場合もあるため、実際の軽減額はこの単純な計算と一致しないことがあります。実際の税額は、年末調整後の源泉徴収票や翌年度の住民税の通知で確認してください。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（所得控除とは何のことですか。）」、2026年10月参照）

事業主払込の人：年末調整での手続きは不要

掛金が給与から天引きされている人は、勤務先が毎月の給与計算で掛金を差し引いたうえで源泉徴収税額を計算しています。年末調整は、毎月の源泉徴収で把握している納付済みの掛金額に基づいて行われるため、払込証明書は発行されません。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（掛金の所得控除を受けるには、どのような手続きが必要ですか。）」、2026年10月参照）

iDeCo公式サイトは、事業主払込の掛金を年末調整のときにまとめて精算することは法令上できないとも案内しています。年の途中で個人払込から事業主払込へ変えた人など、一部の掛金を自分で納めた月がある場合は、その分の証明書が届いていないか確認し、扱いを勤務先に相談してください。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（給与計算や年末調整は、どのような手続きが必要ですか。）」、2026年10月参照）

年末調整に間に合わない人・自営業の人は確定申告

年末調整で控除できなかった人や、年末調整のない自営業・フリーランスの人は、確定申告書の小規模企業共済等掛金控除の欄に記入して控除を受けます。このとき、支払った掛金の証明書または電磁的記録印刷書面を確定申告書に添付するか、提出時に提示します。（出典: 国税庁「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」、2026年10月参照）

国税庁は、令和8年分以後の所得税の確定申告書を令和9年1月1日以後に提出するときは、証明書の添付・提示に代えて、一定の事項を記載した明細書を確定申告書に添付できるとしています。（出典: 国税庁「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」、2026年10月参照）

専業主婦（夫）が加入している場合の注意

国民年金の第3号被保険者（会社員・公務員の配偶者で扶養されている人など）が控除のメリットを受けるには、本人に課税所得があることが必要です。また、iDeCoの掛金は加入者本人の掛金しか控除の対象にならず、配偶者が支払って配偶者の控除にすることはできません。第3号被保険者の掛金の納付方法は本人名義の口座からの個人払込に限られます。（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問（専業主婦（夫）も所得控除で税制メリットを受けることができますか。）」、2026年10月参照）

よくある質問

iDeCoの払込証明書が届きません。

個人払込の人には毎年10月に送られます。初回の納付が10月以降の人は、納付月の翌月（11月〜翌年1月）に送られます。事業主払込の人には発行されません（出典: iDeCo公式サイト「よくあるご質問」、2026年10月参照）。

証明書に書かれた金額をそのまま書いてよいですか？

証明書に記載の「合計金額」を書きます。10月以降に掛金額を変えた、引き落としができなかったなどで合計が変わったときは、国民年金基金連合会から証明書が追加で発行されます。給与から差し引かれた掛金は書きません（出典: 国民年金基金連合会「小規模企業共済等掛金払込証明書（控除証明書）の発行時期と対象となる方」（令和4年分の案内）、国税庁「《記載例》令和８年分保険料控除申告書」、2026年10月参照）。

年末調整を忘れたら控除は受けられませんか？

翌年に確定申告をすれば控除を受けられます。確定申告書の小規模企業共済等掛金控除の欄に記入し、証明書を添付または提示します。令和8年分以後の確定申告書を令和9年1月1日以後に提出するときは、証明書の代わりに一定の事項を書いた明細書を添付することもできます（出典: 国税庁「No.1135 小規模企業共済等掛金控除」、2026年10月参照）。

企業型確定拠出年金の掛金も同じ欄ですか？

同じ小規模企業共済等掛金控除の欄ですが、行が分かれています。企業型年金加入者掛金は「企業型年金加入者掛金」の行に書きますが、給与から差し引かれた掛金（会社の給与天引きで払った分）は勤務先が計算に入れるため、申告書には書きません（出典: 国税庁「《記載例》令和８年分保険料控除申告書」、2026年10月参照）。

参照した公式情報（2026年10月参照）

この記事は国税庁とiDeCo公式サイトの公開資料を整理したもので、個別の税務判断を行うものではありません。判断に迷う場合は勤務先の担当者、または税務署の相談窓口に確認してください。